6 декабря 1933 года был установлен первый ряж, позволяющий производить швартовку одного судна.[3]
1932 год — построен пирс.
В апреле 1935 г. сдан второй причал морского порта длиной 77 м
1947 г. — в акватории бухты Нагаева взорвался груженый взрывчаткой пароход «Генерал Ватутин». Техника, грузы, портовые сооружения, хозяйственные и административные здания — многолетний и самоотверженный труд портовиков — всё было уничтожено взрывной волной.
В 1977 году приказом порт Нагаево был переименован в Магаданский морской торговый порт.
3 апреля 1981 года Магаданский морской торговый порт был награждён орденом «Знак Почёта». Так государство оценило многолетний самоотверженный труд портовиков.
1980-е годы — сложились существующие границы порта, которые охватывают территорию общей площадью 32 га с размещёнными на ней объектами портовой инфраструктуры. На это время приходится и пик перевалки грузов в морском порту Магадан — свыше 4 млн тонн.
1993 — Распоряжением Совета Министров Правительства Российской Федерации от 30.08.1993 № 1551-р Магаданский морской торговый порт открыт для международного морского грузового и пассажирского сообщения.
В 2009 году установлены границы порта Магадан, порт внесён в реестр морских портов России.