Первым проповедником христианства в Амасии, по преданию, был святой Андрей Первозванный, прозванный «апостолом Понта». В Похвальном слове святителю Василию Амасийскому говорится, что апостол Петр, «пробыв много дней в Амасии, первым научил и освятил её»; это отчасти подтверждает и первое соборное Послание апостола Петра, направленное «пришельцам, рассеянным в Понте, Галатии, Каппадокии, Асии и Вифинии». Таким образом христианская община в Амасии существовала с апостольских времён. Первым епископом Амасийской кафедры предание называет Никития, поставленного апостолом Петром.
В источниках упоминания о епископах Амасии встречаются с III века.
При императоре Диоклетиане (284—305) Понт был разделён на 3 более мелкие провинции, и Амасия стала митрополией одной из них, Диоспонта, переименованного императором Константином Великим (306—337) в честь его матери в Еленопонт, после чего и Амасийская кафедра становится митрополией.
В 451 году решением Халкидонского собора Амасийская митрополия закреплена за Константинопольским патриархом.
После сельжукского завоевания в XII веке православное население Амасии значительно сократилось, подчинённые митрополии епархии перестали существовать, а резиденция епископа была перенесена в приморский город Амис.
В 1666—1678 годах под временным управлением митрополитов Амасийских находилась Кафская епархия в Крыму.
