Иоаннисян — армянская фамилия. Известные носители:

• Иоаннисян, Ашот Гарегинович (1887—1972) — армянский революционер и советский политический деятель, историк.
• Иоаннисян, Иоаннес Мкртичевич (1864—1929) — российский и советский армянский поэт и переводчик.